Las Fuerzas Armadas nacieron con la Revolución en mayo de 1810. El Ejército creado el 29 de mayo de 1810 fue organizado por la Primera Junta para luchar contra el Imperio español. Así las fuerzas terrestres constituyeron el Ejército del Norte y el Ejército de los Andes. Ambos cuerpos desaparecieron sustraídos por las guerras civiles. Después de la batalla de Caseros y la Organización Nacional la República levantó de nuevo el Ejército. También la Armada dio su primer paso con la adhesión de la cañonera Vizcaína (rebautizada América) el 25 de mayo de 1810 como primera nave de la Patria.
La Fuerza Aérea (en sus inicios Aeronáutica) nació como fuerza independiente el 4 de enero de 1945 con la creación de la Secretaría de Aeronáutica. Es la más joven fuerza armada. Su origen se halla en la Escuela de Aviación Militar creada el 10 de agosto de 1912 como parte del Ejército.
El 9 de septiembre de 1948 se crea el Estado Mayor Conjunto (EMCO), por Ley 13.234 sancionada por el Honorable Congreso de la Nación. Su constitución desde el punto de vista administrativo fue dispuesta por Decreto Nro. 1775 del 24 de enero de 1949 y su organización, misiones, dependencias y otros aspectos funcionales establecidos por el reglamento del Estado Mayor de Coordinación, aprobado por decreto del poder Ejecutivo Nacional Nro. 1776 de la misma fecha.
Por Resolución Conjunta Nro. 23/951 "R" del 29 de agosto de 1951, firmada por los Ministros, Secretarios de Estado Defensa Nacional, Ejército, Marina y Aeronáutica, y con motivo de la creación del Ministerio de Defensa, se establece su dependencia del Ministerio de Defensa.
Después de 1983 la normativa estableció la diferencia entre defensa nacional y seguridad interior con la ley de defensa de 1988 y la ley de seguridad interior de 1991. La misión principal es el rechazo de agresiones militares de origen externo. Como misiones subsidiaria la intervención en operaciones de seguridad con elementos de apoyo de combate (ingenieros, comunicaciones, etc.), la participación en operaciones de mantenimiento de la paz, el apoyo a la comunidad, y el apoyo a la presencia en la Antártida.
La presencia argentina en la Antártida es ininterrumpida desde 1904 con una pequeña estación naval. Las Fuerzas Armadas cumplen con el abastecimiento y revelo de dotaciones, y el apoyo logístico y de transporte.
La participación en misiones de mantenimiento de la paz bajo mandato de ONU iniciada en 1958 con sucesivas participaciones. La política continúa en la actualidad con ocho misiones en activo. El CAECOPAZ creado en Campo de Mayo en 1995 ha formado más de cuarenta mil efectivos civiles y militares. Con la Guerra del Golfo las misiones con mayor personal tomaron un mayor impulso, destacando las misiones en Irak y Kuwait, en Chipre, Haití y la ex Yugoslavia, con participación de tropas de las tres Fuerzas Armadas.
Las Fuerzas Armadas intervinieron en la política nacional con especial gravitación, llevando adelante entre 1930 y 1976 seis golpes de Estado que levantaron gobiernos de facto con colaboración civil. En el marco de la Guerra Fría la tragedia culminó en el autodenominado Proceso de Reorganización Nacional, con delitos contra los derechos humanos en el terrorismo de Estado (1974-1983) produciendo 30.000 detenidos desaparecidos y más de 10.000 presos políticos.
Después de este período, y con el Juicio a las Juntas Militares de 1985 a partir de la investigación de la CONADEP (Comisión Nacional Sobre la Desaparición de Personas), las Fuerzas Armadas iniciaron una serie de alzamientos. El último alzamiento hecho sucedió el 3 de diciembre de 1990. Entre 1989 y 1990 fueron beneficiados por los Indultos del gobierno de Carlos Saúl Menem. Previamente, también habían sido beneficiados con las leyes de Punto Final y Obediencia Debida, dictadas en el gobierno de Raúl Alfonsín.
Desde el año 2006, cuando se realizaron los primeros dos juicios tras la anulación de las leyes de Punto Final y Obediencia Debida, estos crímenes contra la humanidad ocurridos durante el Terrorismo de Estado están siendo juzgados ante diversos tribunales de Justicia de todo el país. El proceso es impulsado por el Ministerio Público Fiscal y, también, por querellas particulares de víctimas, familiares, organizaciones sindicales, organismos de derechos humanos y del Estado Nacional y por la Subsecretaría de Derechos Humanos de la Provincia de Buenos Aires. Al 24 de marzo de 2025, conforme datos de la Procuraduría de Crímenes Contra la Humanidad del Ministerio Público Fiscal, desde el año 2006, se obtuvieron 340 sentencias y actualmente las personas condenadas son 1.197 y las absueltas, 199. El informe también desglosa que 615 se encuentran detenidas por crímenes de lesa humanidad, de la cuales 498 con modalidad de arresto domiciliario y 117 en instituciones penitenciarias. Hay 33 prófugos.